生物顯微鏡的使用步驟：
一、準備工作：首先將顯微鏡的工作臺擦干凈，然后將要觀察的標本和各種器具準備好。
二、生物顯微鏡的使用 ⒈取用：將顯微鏡從鏡箱取出，取出時一手握鏡臂，一手托底座將其輕放在離工作臺邊緣8－10厘米處，偏左的位臵。
⒉低倍鏡的使用 ⑴對光：對光前，先安上合適的目鏡（一般采用10×目鏡），將10×、40×、100×物鏡按照順時針安在物鏡轉換器上，逆時針轉動轉換器使10×物鏡對準載物臺中央的通光孔。從目鏡中觀察，同時調節反光鏡或接通電源，直至視場明亮、均勻為止。
使用雙目
生物顯微鏡對雙目鏡寬度要進行調節，用推或拉的方法調節兩目鏡之間的距離，直到在兩個目鏡上雙眼同時觀察時，兩個圖形的視場正好*重合，此時鏡筒刻度盤上所示的數字，就是觀察者兩眼瞳孔之間的距離。
根據物鏡的放大倍數調節聚光鏡的高度，使用油鏡時由于放大倍數大，鏡像亮度小，需要較強的照明，需要將聚光鏡升至zui高處。
調節可變光闌（光圈）使聚光鏡的鏡口率與物鏡的鏡口率一致，才能充分發揮舞靜的分辨率，方法為：將生物顯微鏡調整到工作狀態后，從目鏡筒中拔出目鏡，一邊觀察（向拔出目鏡的目鏡筒里看），一邊縮小光闌，這時可看到縮小的光闌被物鏡成的像，然后逐漸調大光闌，當光闌像的邊緣與物鏡通光孔黑圈的邊緣一致時停止，這時的聚光鏡鏡口率與物鏡鏡口率就一致了。如顯微鏡可變光闌圓框上刻有表示口徑的標尺，可調至物鏡鏡口率的80％，即物鏡鏡口率為0.65，則可變光闌的標尺調至0.65×80％＝0.52即可。 ⑵觀察：將標本放臵在載物臺上，使標本對準通光孔正中，下降鏡筒或升高載物臺，并從側面觀察，使物鏡下端和標本逐漸接近，但不能碰到蓋玻片。從目鏡觀察，用粗準焦螺旋慢慢升起鏡筒和下降載物臺直到看到標本為至，再調節細準焦螺旋至物像清晰。 ⒊高倍鏡的觀察 在低倍鏡下，找到要進一步觀察的部位，移至視野中心，再上升聚光鏡、逆時針轉動物鏡轉換器換上高倍鏡。合格的
生物顯微鏡操作距離是由低倍鏡轉換到高倍鏡時剛好合用的，一般稍為調節一下細準焦螺旋即可看到清晰的物像。
